ยุคต้นของเมืองโบราณนั้นเป็นยุคเดียวกันกับการพัฒนาเศรษฐกิจการเมืองไทยในช่วงสมัยของจอมพลสฤษดิ์ และจอมพลถนอม เป็นช่วงที่มีการให้ความสำคัญกับเศรษฐกิจซึ่งสวนทางกับการพัฒนาเศรษฐกิจพอเพียง และวัฒนธรรมท้องถิ่นอันหลากหลายของประเทศ คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ ได้เล็งเห็นคุณค่าและเสียดายความงดงามทางศิลปะ ประวัติศาสตร์ และวัฒนธรรมของประเทศที่กำลังเสื่อมสลาย จึงอุทิศตนเองรวบรวมบรรดาศิลปะวัตถุรวมทั้งวัตถุทางวัฒนธรรมเป็นวิทยาทาน เพื่อเป็นองค์ความรู้และแหล่งเรียนรู้ทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมของชนรุ่นหลัง ปี พ.ศ.2506 คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ จึงเริ่มก่อสร้างเมืองโบราณ สิ่งก่อสร้างในเมืองโบราณมิได้มีแค่โบราณสถานที่ถ่ายแบบมาก่อสร้างเท่านั้น แต่ยังนำเอาบรรดาสถาปัตยกรรมและวัตถุทางชาติพันธุ์ที่กำลังจะสูญหายไปมาสร้างขึ้นใหม่และเก็บรักษาไว้  ตลอดจนการสร้างสรรค์สภาพแวดล้อมและองค์ประกอบเล็กๆ น้อยๆ ที่เกิดขึ้นจากการค้นคว้าหาหลักฐานทั้งจากเอกสาร ภาพวาดหรือซากที่ยังหลงเหลืออยู่มาก่อรูปขึ้นใหม่ ดังต่อไปนี้ สร้างอาคารบริเวณพื้นที่ภาคกลาง ได้แก่ พระที่นั่งสรรเพชญปราสาท (27)  พระที่นั่งดุสิตมหาปราสาท(23) มณฑปพระพุทธบาท สระบุรี(33)  ท้องพระโรงกรุงธนบุรี(16) ให้เป็นศูนย์กลางเศรษฐกิจและการปกครองของสยามประเทศ รวมทั้ง เรือนทับขวัญ(18) ตัวแทนพระราชวังสนามจันทร์ คุ้มขุนแผน(19) และ เรือนต้น(24) อีกด้วย สร้างอาคารกลุ่มปราสาทหิน ได้แก่ ปราสาทพระวิหาร(72)  ปราสาทหินพนมรุ้ง(87) ปราสาทหินพิมาย(86)  ปราสาทศรีขรภูมิ(90)  พระปรางค์ยอดกลีบมะเฟือง(32)  พระปรางค์สามยอด(35)  ปราสาทสด๊กก๊อกธม(93)  แอ่งอารยธรรมอีสาน บนพื้นที่อันกว้างใหญ่แสดงให้เห็นถึงร่องรอยของศิลปวัฒนธรรมที่เก่าแก่ของแอ่งอารยธรรมอีสาน และยังมีสถานที่อื่นๆ ได้แก่ เทวโลก(43)  ศาลาร้องทุกข์(48)  เนินปราสาท สุโขทัย(49) วิหารหลวงวัดมหาธาตุ สุโขทัย(50)  ศาลาโถงวัดนิมิตร(95)  หอคำ(53)  พระธาตุพนม(71)  พระธาตุบังพวน(66)  พระเจดีย์ศรีสองรักษ์(63)   พระธาตุนารายณ์เจงเวง(69) เป็นต้น

ยุคที่ 2 ของการสร้างเมืองโบราณนั้น เป็นพัฒนาการในทางความคิดริเริ่มของคุณเล็กอย่างแท้จริง ด้วยการไปสำรวจและรื้อมาด้วยตนเอง มิใช่การให้นายช่างสถาปนิกเป็นผู้เขียนแบบอีกต่อไป เป็นการรวบรวมเอาอาคารไม้จากทั่วทุกภูมิภาคของประเทศ ที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์และสังคมวัฒนธรรมมาสร้างและรักษาไว้ 

อาคารเครื่องไม้เป็นอัตลักษณ์แท้ของชุมชนในท้องถิ่น เพราะนอกจากใช้วัสดุที่หาได้จากป่าไม้ที่อุดมสมบูรณ์แล้ว ยังมีการใช้งานเป็นทั้งอาคารบ้านเรือน วัดวาอารามโดยออกแบบให้สอดคล้องกับคตินิยมของคนในท้องถิ่นนั้นๆ กระทั่งสิ่งปลูกสร้างจากไม้เหล่านี้มีความเสื่อมโทรมลง ประจวบกับการนิยมใช้คอนกรีตหรือปูนที่มีความคงทนมากขึ้น จึงทำให้อาคารไม้ถูกทิ้งร้างเป็นจำนวนมาก คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ จึงได้ผาติกรรมหรือขอซื้อรื้อถอนมาปลูกไว้ที่เมืองโบราณ เพื่อรักษาให้คงอยู่ต่อไป อันได้แก่

กลุ่มอาคารตลาดน้ำ ตำหนักหยก(45)  วิหารวัดพร้าว(46)  กลุ่มอาคารในตลาดโบราณ(10) ซึ่งเป็นภาพวิถีชีวิตชุมชนของสังคมสยามในอดีต เปรียบเสมือนเส้นทางการค้าขายทางเศรษฐกิจและการปฏิสัมพันธ์ทางสังคม  อันประกอบไปด้วยความหลากหลายทางวัฒนธรรม และความเชื่อทางศาสนา ของผู้คนที่อยู่ร่วมในท้องถิ่นเดียวกัน

อาคารที่พักอาศัยที่ทำจากไม้  ซึ่งนำมาจากทั่วประเทศ  คือ  หมู่บ้านไทยภาคกลาง(38)   หมู่บ้านไทยภาคเหนือ(60)  วัดจองคำ(55) รวมทั้งสร้าง  หอพระแก้ว(30) ขึ้นมาจากรูปจำหลักบานประตูตู้พระธรรม

พิพิธภัณฑ์ชาวนา(121) ซึ่งถือเป็นพิพิธภัณฑ์ที่รวบรวมเรื่องราวทางชาติพันธุ์ และเครื่องมือ เครื่องใช้ ที่คนไทยคิดค้นขึ้นด้วยภูมิปัญญา เพื่อการดำรงชีวิตอย่างเหมาะสมกับสภาพแวดล้อม เป็นแหล่งรวบรวมเครื่องมือเครื่องใช้ของคนสยามครั้งแรกในประเทศไทย  อาคารเครื่องไม้ต่างๆ ที่ยกตัวอย่างมาเหล่านี้ล้วนเป็นของจริง ไม่ใช่ของทำเลียนแบบหรือเรือนจำลอง

นอกจากนี้ยังสร้างกลุ่มอาคารซากปรักหักพัง เช่น วิหารพระศรีสรรเพชญ(25) ประตูวัดโพธิ์ประทับช้าง(39) ป่าเจดีย์(92) และโรงละคร(94) อันเป็นการสะท้อนถึงความเจริญรุ่งเรืองและเสื่อมสลายของโบราณสถานไปด้วยกัน

ช่วงระยะเวลากว่า 10 ปี ในการออกตระเวนสำรวจทุกภูมิภาคของประเทศไทย  เพื่อรวบรวมข้อมูลและหาสิ่งของมาสร้างเมืองโบราณ ทำให้คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ได้ศึกษาเรียนรู้เรื่องราวทางประวัติศาสตร์ ศิลปวัฒนธรรม จนมีความรอบรู้ เชี่ยวชาญ จึงทำให้สิ่งที่เคยคิดสร้างไว้ให้เป็นเพียงสถานที่เที่ยวหย่อนใจ พัฒนาขึ้นเป็นสถานที่เพื่อการศึกษาเรียนรู้รากเหง้าของความเป็นสยามในรูปแบบของพิพิธภัณฑ์กลางแจ้ง ที่ให้ความเข้าใจทั้งด้านภูมิศาสตร์  ศิลปะ  วิถีชีวิต และสังคมวัฒนธรรม ทำให้เมืองโบราณเป็นพิพิธภัณฑ์ของสยามประเทศที่มีชีวิตที่รวบรวมไว้ในสถานที่แห่งเดียว

ปี พ.ศ 2524 คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ ได้สร้างปราสาทไม้สัจธรรมขึ้น ภายหลังจากที่ได้สร้างโรงละครในเมืองโบราณสร้างขึ้นสำเร็จอย่างสวยงามจนเป็นที่พอใจของท่านแล้ว  ความรู้จากการสร้างโรงละครทำให้ท่านสามารถคิดและออกแบบสิ่งก่อสร้างไม้ขนาดใหญ่ขึ้นได้ด้วยตนเอง  กอปรกับความสนใจในเรื่องปรัชญา สุภาษิตที่สั่งสมอยู่เป็นเวลานาน จึงผลักดันให้คิดสร้างศิลปกรรมที่จะสื่อความหมายทางคุณธรรมและมนุษยธรรมที่บรรดาศาสดาและปรัชญาเมธีในอดีตค้นพบและคิดขึ้นมาสอนมนุษย์ให้อยู่อย่างสันติสุข ซึ่งเป็นเรื่องของศาสนาและจิตวิญญาณ  จนปัจจุบันเป็นปราสาทไม้ที่สูงใหญ่ที่สุดในโลก และยังดำเนินการก่อสร้างโดยทายาทรุ่นที่สองต่อมา

สถานที่ในยุคนี้สร้างมาจากองค์ความรู้ ความคิด สร้างสรรค์และจินตนาการ การออกแบบของคุณเล็ก วิริยะพันธุ์ ซึ่งถือได้ว่าเป็นผลงานทางสถาปัตยกรรมที่เป็นเอกลักษณ์ของสกุลช่างเมืองโบราณ ที่ไม่สามารถหาชมได้จากที่อื่นๆ เพราะเป็นต้นแบบที่ได้พัฒนาจากการสั่งสมประสบการณ์ตลอดชีวิตของท่าน  โดยในส่วนรังสรรค์ คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ ตั้งใจที่จะแสดงเรื่องราวทางด้านศาสนา ประเพณี  พิธีกรรมได้โดยไม่ขัดแย้งกับความจริงทางประวัติศาสตร์ ความโดดเด่นของพื้นที่รังสรรค์คือมีความโล่ง และเย็นสบาย มีศาลาพักร้อนกระจายอยู่ทั่วไป ทั้งกลุ่มศาลาที่มีน้ำล้อม เช่น สวนพฤกษชาติในวรรณคดีไทย(109)  กลุ่มศาลารามเกียรติ์(107)  และศาลาฤษีดัดตน(103) ที่สัมพันธ์กับพื้นน้ำที่ล้อมเขาพระสุเมรุ(102)

โดยเฉพาะได้นำเอาคติในเรื่องจักรวาลที่คนในยุคใหม่เห็นว่าไม่ตั้งอยู่บนความจริงทางวิทยาศาสตร์นั้น ซึ่งแท้จริงเป็นสิ่งที่นักปราชญ์ในสมัยก่อนมุ่งที่จะสอนคุณธรรมให้จรรโลงสังคม  มารังสรรค์ขึ้นในพื้นที่ส่วนนี้ มีปลาอานนท์ และไพชยนต์มหาปราสาทบนยอดเขาพระสุเมรุ(102)  มีแท่นของพระอินทร์ที่ว่างเปล่าเป็นประธาน ความโดดเด่นอีกประการของพื้นที่รังสรรค์คือการให้ความสำคัญกับเรื่องศาสนา  เพราะคุณเล็ก  วิริยะพันธุ์  เห็นว่าศาสนาคือสิ่งที่ค้ำจุนความสงบสุขของโลก บุคคลที่ประพฤติธรรมในพระศาสนาก็อาจบรรลุเป็นพระโพธิสัตว์และพระอรหันต์ได้ ดังเช่นพระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวร (เจ้าแม่กวนอิม) (105)  ที่คุณเล็ก  วิริยะพันธุ์  สร้างขึ้นเพื่อแสดงให้เห็นถึงความมีเมตตาของพระองค์ที่มีต่อโลกและสรรพสัตว์ พร้อมกันนั้นยังสร้างอาคารไม้สามชั้นที่งดงามเรียกว่า ศาลาพระอรหันต์(110) ซึ่งยังไม่แล้วเสร็จจนปัจจุบัน

และยังมีการสร้างอาคารพื้นที่ส่วนรังสรรค์อื่นๆ ได้แก่ มณฑปเทพบิดร(108) ขบวนเสด็จพยุหยาตราชลมารค(104)   ศาลาทศชาติ(100) ศาลาขงเบ้ง(115) ศาลา 24 กตัญญู(114) และเรือสำเภาไทย(113)

ปี พ.ศ. 2537 คุณเล็ก วิริยะพันธุ์ มอบหมายให้ คุณพากเพียร วิริยะพันธุ์ บุตรชายคนโตสร้างพิพิธภัณฑ์ช้างเอราวัณ  เพื่อรวบรวมโบราณวัตถุและศิลปะวัตถุ โดยคุณเล็ก วิริยะพันธุ์ ได้ให้ช่างปั้นรูปจำลองของช้างเอราวัณจากจินตนาการของท่าน กำหนดให้ภายในท้องช้างเป็นพื้นที่จัดแสดงโบราณวัตถุ และศิลปะวัตถุที่ท่านสะสม เพื่อเก็บรักษาให้อยู่ในสถานที่อันเหมาะสมปลอดภัยและในปัจจุบัน ช้างเอราวัณได้กลายเป็นสิ่งศักดิ์สิทธิ์ในการรับรู้ของผู้คนที่มากราบไหว้ ขอโชคลาภและความคุ้มครอง ความสวยงามโดดเด่นของอาคารนับว่าเป็นมรดกทางวัฒนธรรมและเป็นสัญลักษณ์ทางจิตวิญญาณของผู้ที่เคารพโดยทั่วไป

หลังคุณเล็ก วิริยะพันธุ์ ถึงแก่กรรมลง เมื่อปี พ.ศ. 2543  เมืองโบราณชำรุดทรุดโทรมลงไปตามอายุของอาคารต่างๆ บรรดานายช่างร่วมปรึกษากันถึงงานสืบสานเมืองโบราณภายใต้การบริหารงานของทายาท ท่ามกลางความคิดเห็นและหลักวิชาการสำนักต่างๆ ที่หาข้อสรุปได้ยาก ดังคำว่า “รักษายากกว่าสร้าง” ยิ่งไปกว่านั้นการรักษายังเป็นการลงทุนที่สูงกว่าสร้างใหม่ด้วย เนื่องจากเป็นอาคารที่ต้องอนุรักษ์รูปแบบไว้ให้มากที่สุด  จึงเรียกยุคนี้ว่าการ “บูรณะใหม่” เกือบทั้งหมด  อาคารทุกอาคาร  สวนทุกพื้นที่  และศิลปะทุกชิ้นต้องได้รับการดูแลอนุรักษ์อย่างดีที่สุด  เสมือนหนึ่งสร้างขึ้นมาใหม่หากแต่สร้างขึ้นบนฐานอาคารเดิม  เพื่อให้ผลงานที่ทรงคุณค่าได้กลับมามีชีวิตชีวาขึ้นอีกครั้งหนึ่ง

นอกจากนี้ยังมีงานควบคุมการสร้างพิพิธภัณฑ์ช้างเอราวัณให้สำเร็จลุล่วงและเปิดให้เข้าชมได้ เมื่อคุณพากเพียร  วิริยะพันธุ์  ถึงแก่กรรมลงเมื่อปี พ.ศ. 2545  นับเป็นช่วงเวลาอันเป็นทางสองแพร่งว่า กลุ่มพิพิธภัณฑ์เมืองโบราณจะดำเนินต่อไปในทิศทางใด  จึงมีการระดมผู้เชี่ยวชาญทุกภาคส่วนเพื่อสืบสานให้เกิดความยั่งยืนมากที่สุด

เมืองโบราณเป็นพิพิธภัณฑ์เอกชนกลางแจ้งที่ใหญ่ที่สุดในโลก ซึ่งดำเนินงานมากว่า 50 ปีภายใต้เจตนารมณ์ของคุณเล็ก และคุณประไพ วิริยะพันธุ์ ที่ได้กล่าวว่า “เราผู้ยึดถือวัฒนธรรมเป็นภารกิจ” ประสบกับปัญหาที่ยากนานาประการในอันที่จะสานต่อปณิธานของท่านผู้สร้าง  หากทายาทรุ่นต่อมาได้เล็งเห็นถึงความสำคัญของการรักษามรดกทางวัฒนธรรมทั้งสามแห่งไว้  จึงมีการลงทุนอย่างต่อเนื่องเพื่อเผยแพร่องค์ความรู้ภายในพิพิธภัณฑ์ทั้งสามแห่งให้คนทั่วโลกได้รับรู้  อย่างไรก็ตามแม้ความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีจะสามารถทดแรงงานมนุษย์ได้ แต่ก็ไม่ได้ตอบโจทย์ทางศิลปะ สถาปัตย์ ของชนชาติสยาม อันเป็นงานศิลปะที่ประณีตละเอียดอ่อนตามแบบโบราณได้  ดังนั้นช่างที่มีฝีมือจึงยังมีบทบาทสำคัญในการสานต่อผลงานที่ยิ่งใหญ่นี้ 

การเปิดศักราชใหม่ของเมืองโบราณในปี พ.ศ. 2560 จนกระทั่งถึงปัจจุบันนี้จึงยังคงสามารถรักษาฝีมือของช่างสกุลเมืองโบราณไว้  ความลุ่มลึกของรากฐานแนวคิดหลักปรัชญาทางพระพุทธศาสนาที่สะท้อนออกมาในงานช่างและศิลปกรรมที่หาชมได้ยากยิ่งในสมัยปัจจุบัน เช่น  สะพานเมืองโบราณชัยศรี  พุทธาวาสแห่งอนัตตจักรวาล  ศาลหลักเมือง  พระที่นั่งไอศวรรย์  สะพานรุ้ง(111)  ศาลาพระโมคคัลลานะ  ศาลาพระสารีบุตร  ศาลาพระมหากัสสปะ  ประติมากรรมเขาใหญ่(120)  ศาลาเรือมังกร  ศาลาพรหมวิหาร(108)  หอพระภูมิพลสยามเทวาธิราช  อาคารต่างๆ ที่เมืองโบราณได้สร้างขึ้นเพิ่มเติมเหล่านี้ ยังเป็นการนำความรู้และรูปแบบในอดีตมาเป็นพื้นฐานในการออกแบบก่อสร้างและปรับวิทยาการปัจจุบันเข้าไปผสมผสานอย่างเหมาะสม  เพื่อดำรงไว้ซึ่งจิตวิญญาณของคนโบราณที่เชื่อมโยงองค์ความรู้จากอดีต สู่การใช้ประโยชน์ได้จริงในปัจจุบัน